审计处组建于1997年9月，前身为成立于1986年的淮阴师专监审室，是学校独立设置的内部审计机构，由校长分管，业务上接受江苏省教育厅监督与审计处指导。

审计处依据国家法律、法规、上级部门和学校的规章制度，对学校及所属单位的财务收支、内部控制、风险管理以及有关经济活动实施独立、客观的监督、评价和建议，维护学校财经纪律，规范经济活动，提高管理水平，促进党风廉政建设。部门主要职责包括：

一、贯彻落实党和国家经济方针政策、决策部署以及审计法律法规，制定并完善学校内部审计制度。

二、负责对学校及所属单位贯彻落实国家和江苏省重大政策措施情况进行审计。

三、负责对学校及所属单位发展规划、重大决策、重大措施、重大项目执行情况进行审计。

四、负责对学校及所属单位财务收支，预算执行和决算情况进行审计。

五、负责对学校及所属单位固定资产投资项目、物资和服务采购、专项资金管理使用和重大投资活动进行审计。

六、负责对学校及所属单位内部控制及风险管理情况，资金、资产、资源的管理和效益情况进行审计。

七、负责对学校及所属单位办学、科研、后勤保障等主要业务活动的管理和效益情况进行审计。

八、负责对学校新建、改建、扩建、维修工程项目进行竣工结算审核，对学校基本建设项目、大型维修项目全过程管理进行审计。

九、负责对学校中层领导干部经济责任履行情况进行审计。

十、负责对学校工程的招标文件、工程量清单、5 万元及以上经济合同进行审核，并对有关经济合同（协议）的签订和执行情况进行审计。

十一、负责审计发现问题的整改督促工作。

十二、完成上级部门和学校交办的其他工作。

审计处下设综合科、财务审计科、工程审计科和合同审核科，现有专职审计人员9名，其中高级职称4人，中级职称5人，均具备相应的知识储备，全体审计人员严格恪守“以审计精神立身，以创新规范立业，以自身建设立信”，形成了一支忠诚、干净、担当、精干、高效、务实的审计队伍。